В 1920 году монастырь был окончательно ликвидирован: приказ о ликвидации отдал М. С. Кедров. Культурные ценности монастыря и большие запасы продовольствия были реквизированы.
В 1920 году на территории монастыря располагается лагерь принудительных работ, который вместе с конвоем насчитывал 350 человек. В 1923 году был учреждён Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), преобразованный позднее в 1937 году в Соловецкую тюрьму особого назначения — СТОН, расформированную в 1939 г. Значительную часть заключённых составляли духовенство, офицеры белого движения, эсеры, интеллигенция.
После закрытия в 1939 году тюрьмы острова были переданы военным, и в 1940–1957 годах хозяином Соловков стал Учебный отряд Северного флота. Во время Великой Отечественной войны здесь готовили для ВМФ самых разных специалистов.
Одной из школ Учебного отряда в 1942–1945 годах стала школа юнг, в которой военному ремеслу обучались мальчики допризывного возраста.
За три выпуска школа подготовила более четырех тысяч рулевых, сигнальщиков, мотористов, радистов, боцманов, электриков, комендоров и акустиков.
После окончания школы соловецкие юнги, «мальчики с бантиками» честно и самоотверженно воевали на всех флотах и флотилиях, делили со взрослыми матросами и офицерами тяготы и лишения военного времени, не отступали перед смертельной опасностью.
Многие из них были награждены боевыми орденами и медалями. Один из них – юнга-радист Владимир Моисееенко – стал Героем Советского Союза.
Начиная с 1972 года, на Соловках регулярно, раз в пять лет, проходят встречи юнг ветеранов.
В конце 1950-х годов Соловки стали доступны для посещения. Приезжавших поражало бедственное состояние монастыря. Все громче стали раздаваться голоса в защиту Соловков, которые нужно было срочно спасать от разрухи. В том, что власти обратили внимание на Соловки, большая заслуга директора местной школы П. В. Виткова, президента Академии наук СССР А. Н. Несмеянова, ученых А. А. Преображенского, Г. Г. Фруменкова, А. А. Спасского, С. Э. Шноля, писателей Ю. Казакова, В. Бианки и др.
С середины 1960-х годов на Соловках начались ремонтно-консервационные, а затем и реставрационные работы. Архитекторами центральных научно-реставрационных мастерских была проведена огромная работа по обследованию, изучению, разработке проектов реставрации памятников на территории монастыря. Под их руководством рабочие небольшого Соловецкого реставрационного участка освободили исторические постройки от завалов мусора, вывели их из аварийного состояния, после чего были восстановлены трапезный комплекс, Спасо-Преображенский собор, крепость, портная и чоботная палаты, частично святительский корпус и другие памятники.
В 1967 году был образован Соловецкий историко-архитектурный музей-заповедник. Сначала лишь как филиал Архангельского областного краеведческого музея. В конце 1974 года он был реорганизован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник.
За годы своего существования музеем-заповедником проведена большая и разносторонняя работа: обследованы территории Поморья, исторически связанные с Соловецким монастырем, собран большой материал по промыслам, ремеслам, истории монастыря. Исследованы исторические материалы в архивах страны, создан ряд интересных экспозиций. Много сделано по изучению и сохранению архитектурного наследия и природы Соловков.
В 1991 году комплекс памятников архитектуры Соловецкого архипелага включен в Список памятников всемирного культурного наследия ЮНЕСКО, а в 1995 году - в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
