До устройства в XVII веке кладбища у южной стены монастыря его насельников хоронили на территории обители. Известно о нескольких десятках захоронений вокруг Спасо-Преображенского собора. Самые почетные места погребения находились к северу от него.
Церковь преподобного Германа - одно из таких мест. Она находится в небольшом дворике между Спасо-Преображенским собором и Никольским храмом. Церковь освящена в 1860 году. Это небольшое одноэтажное здание венчается луковой главкой. Церковь построена на месте древних деревянных часовен, в которых находились могилы трех святых: преподобных Савватия и Германа и святителя Маркелла. Кроме этого в церкви до сих пор находятся захоронения первого соловецкого архимандрита Илии (Пестрикова) (1659 г.) и старца Феофана (1819 г.).
За Германовской церковью, в подклетах Свято-Троицкого собора, находятся усыпальницы. Это также наиболее почетные для погребений места. Напротив входа в подклет расположена часовня-усыпальница преподобного Иринарха, где под спудом покоились его мощи. Каменная усыпальница, сменившая деревянную, была устроена в 1753 году.
Игумен Иринарх руководил обителью с 1614 по 1626 гг. Он немало сделал для укрепления обороноспособности монастыря и его приграничных материковых вотчин, вступал в дипломатические переговоры со шведами, его стараниями было заключено перемирие с неприятелем. Игумен благословил преподобного Елеазара на пустынножительство на Анзере, а сам последние два года жизни провел в безмолвии в пустыни. Скончался преподобный Иринарх в 1628 году.
За стеной находится усыпальница святителя Филиппа. В нее поместили мощи святого после их перенесения из Твери в 1591 году, здесь они покоились до того, как их перенесли в Спасо-Преображенский собор в 1646 году. Cвятитель Филипп завещал похоронить его рядом с могилой своего духовного учителя Ионы Шамина (1568 г.). Захоронение наставника святителя и сейчас находится в усыпальнице.
У восточной стены усыпальницы упокоены соловецкий игумен, преподобный Иаков (1597 г.), у северной стены – еще один настоятель обители, преподобный Антоний (1612 г.).
Во дворике перед церковью преподобного Германа устроен некрополь. В него перенесены плиты с разрушенного в 1930-е годы монастырского кладбища. Некрополь создан в 2003 году Соловецким музеем-заповедником. Здесь находятся надгробия с могил архимандритов Макария (1825 г.), Димитрия (1852 г.), Порфирия (1865 г.), Феофана (1871 г.), монахов Феофила (1827 г.) и Наума (1853 г.), последнего кошевого атамана Запорожской Сечи Петра Кальнишевского (1803 г.), известного на севере благотворителя Афанасия Булычева (1902 г.) и другие.
В Германовском дворике, находящемся в самом центре монастыря, всегда благодатная тишина и покой, как всегда бывает в тех местах, где упокоены праведники.
